Le secrétariat de l'initiative est géré par l'UNESCO et l'IFEF, il assure les opérations quotidiennes de l'initiative, la mise en œuvre du programme de jointure panafricain adopté, coordonne l'élaboration et la mise en œuvre des plans de travail annuels de l'initiative (conformément au programme conjoint panafricain) approuvés par le CS, en étroite collaboration avec les gouvernements hôtes et les partenaires.

Son principal rôle consiste à coordonner l'opérationnalisation des différentes activités de l'initiative panafricaine dans les pays. Avec le soutient de l'Académie mondiale des compétences (GSA), le Groupe de partenaires associés (APG) et le Groupe d'experts internationaux (IEG), le secrétariat assure la formation des leaders, praticiens et spécialistes de l'EFTP dans les pays, appui au développement des stratégies et politiques, et enfin apporte un appui à la mise en oeuvre des stratégies définies.

Le secrétariat a développé dans ce cadre deux programmes phares, le premier au niveau national et un second au niveau régional. Le programme régional étant ouvert à tout pays désireux de s'engager dans la transformation digitale de son systeme d'EFTP et de développement des compétences, le programme national est conditionné par la certification à la formation en ligne organisée en amont et au final assurer le suivi des activités de l'Initiative au niveau national après la formation en ligne et la participation à l'atélier régional.